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    5hmC或(huò)成为(wéi)2型(xíng)糖尿(niào)病血管并发(fā)症临床监控(kòng)的(de)重要标(biāo)志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享(xiǎng)到:

    2019年10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿(niào)病研究(jiū)领域取得重要进展。2型糖尿(niào)病(T2D)的(de)血管并发症是导致2型糖尿病致残(cán)致死的(de)重要病因(yīn),一直缺乏一种无创便捷(jié)的临床途径(jìng)实现血管并(bìng)发症的(de)发生发展监测,达到早发现、早干(gàn)预(yù),以提高T2D病人的整(zhěng)体生(shēng)活(huó)质量,减少卫生经济负担。


    该研究(jiū)入(rù)组了62例2型糖(táng)尿病病人,采用5hmC-Seal技(jì)术对血(xuè)浆cfDNA中表(biǎo)观遗(yí)传标志(zhì)物5hmC的分布情况进行检测,分析5hmC标志(zhì)物与2型(xíng)糖(táng)尿病(bìng)血管并发(fā)症发生发展(zhǎn)的相(xiàng)关性(xìng)。结果表明5hmC标志物的变(biàn)化与T2D合并大血管(guǎn)/微血管事件具有相关性,主要(yào)涉及一些与(yǔ)血管生物学和糖尿病(包括胰岛素耐受和炎症(zhèng)反应)相关的基因和信号通(tōng)路(lù)。该研究(jiū)建立的16个基因-5hmC标志物组合检测可以准确区分(fèn)有并发症(zhèng)和(hé)无并(bìng)发症的2型糖尿病病人(rén)[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临(lín)床变量(liàng)例如(rú)白蛋白(bái)尿(niào)。除此之外,还建立了13个基因(yīn)-5hmC标志物组(zǔ)合检测,可以进一步区分T2D合并单一并发症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明(míng)显优(yōu)于其他(tā)传(chuán)统临床变(biàn)量。该(gāi)研究得(dé)出结论,5hmC标志(zhì)物反映(yìng)了T2D病人大血(xuè)管/微血管并发(fā)症发生过程中的表观遗传变化,因而(ér)5hmC-Seal检测技术(shù)在监(jiān)测糖尿病(bìng)血管并发(fā)症发生和进展方面(miàn)具有良好的临(lín)床应用(yòng)前(qián)景。


    试验设计



    本研究(jiū)共(gòng)纳入62例2型糖尿病病人,包括没有血(xuè)管并发症的(de)病人12例,有单一血管并发症的(de)病人34例(24例发生大血(xuè)管(guǎn)事件,10例发生(shēng)微血管事件),以及有多种血管(guǎn)并发症(zhèng)的病人(rén)16例(lì)。试验(yàn)收集62例病人血(xuè)浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术(shù)捕(bǔ)获外(wài)周血(xuè)cfDNA中的(de)5hmC序(xù)列,进行二代测(cè)序,通(tōng)过生物信(xìn)息(xī)学(xué)分析(xī)找(zhǎo)出(chū)并发症组与无并发症组之间有显(xiǎn)著5hmC修饰(shì)差(chà)异的基(jī)因,单一(yī)并发症组和多(duō)种并(bìng)发症组之间有(yǒu)显著(zhe)5hmC修饰(shì)差异的基因(yīn)。随后利用(yòng)回归模型对差异基因(yīn)进(jìn)一步(bù)筛选、优化,弹性网络进(jìn)一步筛选,计算加权平(píng)均分,最后得到一组具有高度灵(líng)敏(mǐn)度和特异(yì)性(xìng)的5hmC生物标(biāo)记物,并进一步在实验组中验证(zhèng),分析其(qí)灵敏度和特异性。并将(jiāng)新建立的5hmC标志物基因组合的(de)检(jiǎn)测性能(néng)与传统临床变量进行对(duì)比分(fèn)析(xī)。最(zuì)后对相(xiàng)关基因进行了(le)信号通路分(fèn)析(xī)和功能(néng)探究。



    研究结果


    5hmC修饰水平与血管并(bìng)发(fā)症具有相(xiàng)关性(xìng)


    利(lì)用逻辑回归模型对(duì)62例有并发症和无并发症2型(xíng)糖(táng)尿(niào)病病人的5hmC差异水平(píng)进行分析(xī)发现,有并发症2型糖(táng)尿病病人的(de)622个差异修饰候选基因(包括上调和下(xià)调基因)的(de)归一化平均数(shù)要明显高于无(wú)并发症的病人(P<0.001),但是单一(yī)并发症和多发并发症病人之(zhī)间没有显(xiǎn)著差异(yì)。

    之(zhī)后将有单一并(bìng)发症(zhèng)或多种并发(fā)症的50例病人用(yòng)逻辑回归模型进行了对比,发现多种(zhǒng)并发症的(de)病人的153个差异(yì)修饰候选基(jī)因(包(bāo)括上调和下调(diào)基因)的(de)归一化平均数要低于无并发症病人(P<0.001)。


    5hmC标志物可区分有(yǒu)无并(bìng)发症患者


    62例2型糖尿病病人(rén)被随机分成训(xùn)练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性(xìng)网络筛(shāi)选后发现,16基因-5hmC标志物(wù)组合检测可以用于区分有(yǒu)并发症(zhèng)和(hé)无并发症的2型糖尿病病人。


    基于(yú)16基(jī)因(yīn)组(zǔ)合模型 (Detection Model 1) 的(de)加权平均分分析,发现无并发(fā)症病人的分(fèn)数(shù)在训练(liàn)集和测试集中(zhōng)都明显低于有并发症的(de)病(bìng)人(rén)。只考(kǎo)虑加权平均(jun1)分(fèn)的话,受试者工(gōng)作特征曲线(ROC)分析(xī)表明将(jiāng)cutoff值设置成0.5时,在测试组(zǔ)中中的灵敏(mǐn)度为(wéi)60%,特(tè)异(yì)性为(wéi)100%。



    5hmC标志物(wù)可区分病(bìng)人是单一并发症还是多种(zhǒng)并发症


    50例有并发症的(de)2型糖尿病病人被(bèi)随机分成(chéng)训练组(n=25)和测试组(zǔ)(n=25)。利用弹性(xìng)网络筛(shāi)选后发(fā)现,13基因-5hmC标志物组(zǔ)合可以区分2型糖尿病病人是否发(fā)生单一并发症或(huò)多种(zhǒng)并发症(zhèng)。


    基于13基因(yīn)组合模(mó)型 (Detection Model 2), 我们计算了(le)单一并发症和多(duō)种并发症的(de)加权(quán)平均分,发现在训练集和测试(shì)集中单一并发症和多种并发症(zhèng)病人的分数都有明显差异。值得一提的是,有肾(shèn)病并发症和(hé)无肾(shèn)病并发症病(bìng)人的分数也有明显差异。利用加权平均(jun1)分作为判断标准的受试(shì)者工作特征曲线(ROC)表明,在测试组中当将(jiāng)cutoff值设成0.69时,灵(líng)敏(mǐn)度(dù)为87.5%,特(tè)异性为68.8%。



    5hmC标志物(wù)与传(chuán)统临床变量/危险因子的对比(bǐ)


    我(wǒ)们评估了不同(tóng)临床变量/危(wēi)险因子用于监测(cè)血管并发症的灵敏度和特异性(见表(biǎo)1)。

    总(zǒng)体(tǐ)来说(shuō),结果表明一(yī)些临床(chuáng)变(biàn)量(如尿液白蛋(dàn)白、血清ALT、AST、肌(jī)酐、GGT、脂(zhī)蛋白a)虽然具有一(yī)定的灵(líng)敏度和特异性,但是整体准(zhǔn)确度仍然差(chà)强人意,因此(cǐ)临床(chuáng)需(xū)要更(gèng)加准确的方法。另外,我们还在训练组中建立5hmC和不同临床变量(liàng)的多变量(liàng)组合模型(xíng)进(jìn)行评估(gū),该模型加权平均分的AUC要明显大于传(chuán)统临床变量的AUC。若(ruò)将(jiāng)这些临床变量与加权平(píng)均分进行结(jié)合,AUC也(yě)将进一步提高。因此,该多变量模型(xíng)表明加权平(píng)均分可(kě)作(zuò)为一个独立的指标用于(yú)监(jiān)测2型糖尿病血管(guǎn)并发症。

    信号通路分析和功能探究


    有并发症和无(wú)并发症病人(rén)的135个差异候选基因(yīn)的功能注释(shì)分析(xī)表(biǎo)明(míng),这些基因主要富集在一(yī)些(xiē)经典的信号通路(lù)。错误发现率相关P值位(wèi)于前10%和基因数目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的信号通路与胰(yí)岛素抵抗及炎症反(fǎn)应相关,在血管生物学(xué)和糖尿病发生发展过程中发挥重要(yào)作用。

    Reactome相互作(zuò)用网络的中心表(biǎo)明,泛素编码基(jī)因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基核糖体(tǐ)蛋白融合产物(wù)1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重要连接者。在这135个差异候选(xuǎn)基(jī)因(yīn)中, 一些(xiē)基(jī)因 (如TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出(chū)与糖尿病病程(chéng)相关的倾向(xiàng),表明5hmC和(hé)糖(táng)尿病血管并发症之间可(kě)能(néng)存在(zài)时间依赖性的相互作用。基于纵向(xiàng)时间队(duì)列的大样(yàng)本研究,将可进一步明确5hmC变化和糖尿病持(chí)续时间之间的动(dòng)态关联。关于单一并发症和多种并(bìng)发(fā)症病人的159个(gè)候选标志(zhì)基因的功能注(zhù)释研究发现(xiàn),存在细胞(bāo)-细胞连接、胶原蛋白形成、新陈代谢、细胞应激应答信号通路的富(fù)集,这些信(xìn)号通(tōng)路均与细胞基本功能密切(qiē)相关。


    研究意义



    血管(guǎn)并发症是三(sān)分(fèn)之二糖尿病病人的死亡原因,若能及早有效控制血管并发症(zhèng)的发生,将极大地改善糖尿病病人的生存质量。该研究(jiū)建(jiàn)立了一(yī)种(zhǒng)利用cfDNA进行2型(xíng)糖(táng)尿病血管并(bìng)发症(zhèng)监测的无创便捷方(fāng)法,较目前临床标志物能更准确地监控血管(guǎn)并(bìng)发症的发生,从(cóng)而提示(shì)临床及早采取应(yīng)对(duì)措(cuò)施,有效控制病情进展。



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